截至2008年年底，全国共有15547家企业通过了新的高新技术企业评审认定。科技部火炬中心会同财政部、国家税务总局有关部门2008年12月底对全国高新技术企业认定工作情况进行的调研结果显示，按新认定办法认定的高新技术企业经济效益、资产运行质量好于原高新技术企业；同时，这些企业的创新活动产出的发明专利数远高于当年全国平均水平；企业总体成长性高于以前认定的高新技术企业的平均水平。

　　2008年4月14日，科技部、财政部、国家税务总局共同出台了新的《高新技术企业认定管理办法》，配套文件《高新技术企业认定管理工作指引》也于2008年7月8日正式印发。截至2008年年底，当年全国共有15547家企业通过高新技术企业认定评审。其中13819家企业通过了网上公示，另有1728家企业待公示。在通过认定并公示的高新技术企业中，有10547家是原有高新技术企业，占新认定企业总数的76.3%。由于2008年度全国高新技术企业的统计数据要到2009年6月上报，根据各地方高新技术企业认定工作汇报数据测算，2008年新认定企业加上以前年度认定的、资格尚在有效期内的企业， 2008年年底全国高新技术企业的数量约有5万家。

　　据介绍，在科技部火炬中心会同财政部、国家税务总局有关部门组织的调研中，各地方普遍反映，新高新技术企业认定的工作已成为地方科技部门推进以企业为主体的创新体系建设的有力抓手，对促进企业提高内部管理水平，规范、加强企业研发投入有较大的促进作用，而且新高新技术企业认定工作促进企业会计制度的完善，逐步建立企业的R&D经费会计辅助台账，为今后建立与国际通用规则接轨的R&D经费会计科目奠定了基础。

　　调研还显示，按新的《高新技术企业认定管理办法》认定的高新技术企业更能体现新时期高新技术企业应具备的素质。首先是经济效益明显好于原有高新技术企业。根据2007年火炬统计年鉴数据对2008年新认定高新技术企业中原有10547家企业分析，这批高新技术企业2007年的净资产收益率达到17.83%，户均上交税收0.15亿元，户均净利润0.25亿元，高于2007年全国高新技术企业净资产收益率14.36%、户均上交税收0.06亿元和户均净利润0.13亿元的平均指标水平。其次是新认定的高新技术企业技术创新非常活跃。上述10547家高新技术企业占2007年全国高新技术企业总数56047家的18.7%，2007年的R&D经费支出（792.5亿元）占全国高新技术企业R&D经费总数的39.7 %，累计拥有发明专利（45758项）占全国高新技术企业拥有发明专利数的49.9 %，户均拥有发明专利数（4.3项）远高于2007全国高新技术企业户均拥有发明专利数（1.63项）。此外，新认定高新技术企业在成长性方面也颇令人欣喜。通过对新认定且已公示的13819家高新技术企业中6822家原有高新技术企业2005-2007年企业资产规模、盈利能力等指标的同口径分析，上述企业三年的总资产规模、上缴税收、净利润率年均增长率分别为33.02％、19.86%、20.96%，企业总体成长性高于以前认定的高新技术企业的平均水平。

　　据介绍，在上述新认定的10547家高新技术企业中，2007年度企业总收入100亿元以上的有31家，占企业总数的0.29%。包括上海汽车集团股份有限公司、哈尔滨动力设备股份有限公司、奇瑞汽车股份有限公司、珠海格力电器股份有限公司等国内知名大企业；总收入1亿元以上的企业有4192家，占企业总数的39.7%；总收入在500万元以下的企业有843家，占企业总数的8%。而2007年全国56047家高新技术企业中，收入过亿元的企业占21.2%（11889家），收入在500万元以下的占32.3%（18085家）。数据分析说明，新的《高新技术企业认定管理办法》并未对大型企业的认定造成影响，在新认定的高新技术企业中，收入过亿元的企业所占比例较原来上升18.5%。

　　科技部火炬中心相关负责人还表示，随着认定工作的持续开展，新的税收减免政策对高新技术企业的支持力度将超过原有政策。2007年年底国家高新区内有高新技术企业3.3万家，当年享受所得税减免188亿元。2008年起，国家高新区内外高新技术企业都按照新政策享受税收优惠政策，据对上海、江苏、天津、浙江、湖南、广东、河北、安徽、吉林、江西、青岛等11省市减免所得税调查后推算，2008年全部高新技术企业得到的税收优惠额将大于2007年。